Нужно вставлять не перед <?php } ?>, а после!
т.е. должно идти так:
<?php } ?>
<?php
if (substr($file->getFilename(), -3) == 'pdf')
{
echo'<div>';
$urlpdf=get_url('files', 'download_image', array('id' => $file->getId(), 'inline' => true, 'modtime' => $modtime));
echo "<iframe src=".$urlpdf." width='100%' height='900px' frameborder=0 align='center'></iframe>";
echo '</div>';
}
?>